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醫療廢水處理的基本方法分三步：預處理、生化法處理和消毒處理。預處理主要是針對醫院廢水進行沉淀、格柵分離等操作，這樣的操作并不能達到完全滅菌的目的,但能為后續的生化和消毒處理降低污染負荷。生化處理是通過培養活性微生物菌，再充分混和醫院污水和微生物，利用微生物本身發生的生化降解等作用分解廢水，生化處理可以分解醫院廢水中的大部分有機污染物。最后一步消毒處理是利用液氯、臭氧、次氯酸鈉溶液等化學試劑，消除污水中的有害物質和病原菌，使醫療廢水處理符合標準排放。